反攻成功仅数月，中华民国政府随即展开全面清党行动。国安会议下令成立「临时特别调查委员会」，专责调查过去中国高层与各级g部在位时的贪腐、与违宪行为。
数千名原党政军要员在南京、北平、武汉、成都等地被逮捕，接受军事或特别法庭审讯。许多当年在新疆、香港、西藏等地实施镇压与洗脑政策的官员，也被通缉通报，名列「国家转型正义黑名单」。
有者选择投案自白，有者潜逃边境，甚至有高层在逃亡过程中被不明人士「处理」失踪。国安单位未多解释，只以一句「正义不会迟到」回应外界质疑。
然而，也有争议浮现。部分省级官员主张：「基层人员多数是被制度所迫，全面整肃可能影响社会稳定。」中华民国政府虽强调「依法追责」、「重点整肃上层」，但地方实施的尺度不一，一时之间，各地皆有「民审」、「揭批」与「审判公听会」蔓延之势。
舆论分裂，一边高呼「不能宽恕杀人者」，一边担忧「新政府正在走向报复政治」。
南京总统府面对压力，於2031年8月颁布《转型正义条例》，规定重大罪责将由特别法庭审判，其余中低阶g部得申请「政治悔过登记」，经社区与政府共同审核後可获特赦观察处分。
此举暂时稳住政局，但也预示着——一场意识形态与历史正义的拔河，才刚刚开始。